De geschiedenis van De Tweestroom begint in 1906, met de oprichting van De Steenplaats, een lagere school aan de Onderdijkse Rijweg in Hendrik-Ido-Ambacht. In 1967 verhuisde de school naar de Jan Wissenslaan en ging verder onder de naam De Sinnemaschool.

In 1979 startte de Regenboogschool, die bestond uit de kleuterschool Kleutervreugd van de Beatrixsingel en de Margrietschool aan de Margrietstraat. In 1994 fuseerden De Sinnemaschool en de Margrietschool tot De Tweestroom, waarbij de locatie aan de Jan Wissenslaan behouden bleef.

In 2008 werd de locatie aan de Jan Wissenslaan buiten gebruik gesteld en verhuisde De Tweestroom naar de Margrietstraat. In 2011 verhuisde De Tweestroom van de Margrietstraat naar een tijdelijke huisvesting in het voormalige MAVO-gebouw aan de PC Hooftsingel.

In 2015 fuseerden Stichting Kinderopvang Zwijndrecht (SKZ) en PCOAZ, wat resulteerde in de oprichting van PIT kinderopvang & onderwijs. In 2016 vond een fusie plaats tussen Trhiade en PIT, waarmee De Tweestroom opnieuw deel uitmaakte van PIT.

In 2017 verhuisde De Tweestroom naar een nieuw gebouw aan de Jan Wissenslaan en begon hier een peuterspeelgroep. In 2024 is De Tweestroom weer volledig op haar nieuwe locatie aan de Jan Wissenslaan, wat een belangrijke mijlpaal markeert voor de school en haar ontwikkeling.